傳統的肉毒杆菌毒素注射法是將電刺激針放入肌肉內，接著打開電刺激器，觀察釋放出來的電流是否能使張力過高的痙攣肌肉產生收縮與跳動；確定目標肌肉有在收縮與跳動後，才能將肉毒杆菌毒素注射至肌肉內。但許多張力過高的肌肉因為長時間的痙攣，有可能發生纖維化或解剖位置的改變，若盲目地用電刺激針去找這些肌肉會常常找不到，並且讓病人白白挨了許多針，造成病人不必要的疼痛。
近年則已成功地將超音波導引技術用在肉毒杆菌毒素注射上。首先利用肌肉骨骼超音波找出這些痙攣肌肉的正確位置，再將電刺激針放入肌肉內進行肉毒杆菌毒素注射。這樣的方法可大幅縮短注射的時間，免除掉病人的不舒適感，也能提高注射的准確度。
肉毒杆菌毒素已成為治療痙攣的新趨勢，肌肉痙攣在注射後都可以得到很好的功能改善；在上肢肢體部分可以增進手指和手腕的關節活動度，改善手部功能等；在下肢肢體部分則可以增進關節活動度，改善剪刀腳、踮腳尖與膝蓋彎曲等不正常步態。
近年肉毒杆菌毒素開始用於慢性脊髓損傷者排尿障礙的治療；但在注射肉毒杆菌毒素之前，必須審慎評估注射的劑量及注射哪些肌肉群，並且擬定注射後的復健計劃，這些都是影響治療效果的重要關鍵。
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