疫苗可預防疾病科學委員會建議未滿兩歲之兒童按「香港兒童免疫接種計劃」接種肺炎球菌結合疫苗，包括在 2、4 和 6 個月分別接種三劑基礎針及在 12-15 個月時接種一劑加強劑。
科學委員會建議 2 歲或以上的高危群組應接種一劑 13 價肺炎球菌結合疫苗，接著一年後接種一劑 23 價肺炎球菌多醣疫苗。對於那些已經接種 23 價肺炎球菌多醣疫苗，則應在上一次 23 價肺炎球菌多醣疫苗接種一年後才接種 13 價肺炎球菌結合疫苗；對於那些已經接種 13 價肺炎球菌結合疫苗，則應在上一次 13 價肺炎球菌結合疫苗接種一年後才接種 23 價肺炎球菌多醣疫苗。
對於 65 歲及以上而沒有高危風險情況*的人士，科學委員會建議接種一劑 13 價肺炎球菌結合疫苗或一劑 23 價肺炎球菌多醣疫苗。
*高危風險的情況包括：
- 曾患侵入性肺炎球菌病
- 缺乏免疫功能：
- -無脾臟、愛滋病、原發性免疫力缺乏症
- -與癌症和器官移植有關的免疫功能缺乏
- -與使用免疫功能抑制劑或類固醇有關的免疫功能缺乏
- 慢性疾病：
- -慢性心臟、肺部、肝或腎病
- -糖尿病或腦脊髓液滲漏
- 裝有人工耳蝸
（高血壓本身並非高危風險的情況）
患上肺炎球菌病的風險因每人的年齡及健康狀況有別，有高危風險情況的人士請與其醫生商討最合適的肺炎球菌接種。
