大部分“灭活流感疫苗”适用于 6 个月或以上人士，包括孕妇、健康人士和有长期健康问题人士。不过，对曾接种的“灭活流感疫苗”或其他疫苗成分 (如新霉素或多粘菌素)有过敏反应的人士，都不宜接种“灭活流感疫苗”。对鸡蛋有轻度过敏的人士，可于基层医疗接种“灭活流感疫苗”，而确诊或怀疑对鸡蛋有严重过敏反应的人士，应先由过敏学或免疫学专科医生就鸡蛋敏感进行评估，并因应临床需要，由这些专家负责接种“灭活流感疫苗”。至于出血病症患者或服用薄血药的人士，可采用深层皮下注射的方法接种疫苗。如接种当天因病发烧，可延迟至病愈后再接种。在接种流感疫苗后六个星期内曾出现“吉-巴氏综合症”的人士，在接种前应先向医生查询。
接种“灭活流感疫苗”后，除可能在注射部位出现轻微肿痛外，一般并无其他副作用。部分人士可能在接种疫苗后 6 － 12 小时内出现发烧、肌肉和关节疼痛、疲倦等症状，但这些症状通常会在两天内减退。若出现持续发烧或不适，应向医生查询。如出现风疹块、口舌肿胀或呼吸困难等较为罕见的严重过敏反应，患者必须立即求诊。
一些罕见但严重的不良情况，也可能在接种疫苗后出现，如“吉-巴氏综合症”（ 100 万个接种疫苗人士中有 1 至 2 宗个案）、脑膜炎或脑病变（每分发 300 万剂疫苗中有 1 宗个案）和严重过敏反应（每分发 1,000 万剂疫苗中有 9 宗个案）。不过，接种流感疫苗和这些不良情况未必一定有因果关系。
